案の定というかなんというか、Ver9.04で物理分離モデルの物理演算が見た目には反映されないバグ（と呼んでいいのか…）は修正されました(笑)
なので、この記事は、諸事情あって物理分離モデルを通常モデルに戻したい、というニッチすぎる需要にしか役立ちません。
2014/03/16 23:07追記
MMDがバージョンアップして、9になりましたね！
実装されたらいいなぁとほのかに期待していた物理演算ONOFF機能がついて、大喜びした人も多いのでは？（というか私です）
これで座ってるときのスカートやコートのばたつきやぴくつきとおさらばです！
動画作成がはかどってたまりませんなぁ！
……と、思っていたのですが。
物理分離プラグイン（http://www.nicovideo.jp/watch/sm22039500）で作ったモデルの物理演算が、MMD9.00以降では反映されなくなってしまいました……。
（ちなみに、IK/キーフレーム登録優先設定にしています）
剛体表示モードで見ると、ちゃんと計算されています。もちろんキーフレーム登録はしていません。
が、なぜか見た目には物理演算が反映されていません。
どういう原理なのかはよくわかりません。もしかしたらバグなのかもしれまん。
とはいえ、動かないものは動かないので、物理分離モデルを通常モデル（物理分離モデルにする前の状態）に戻すことにしました。
（以前のバージョンのを使えというツッコミはなしでお願いします）
単純に0001から始まるボーンを消せばいいのかと思っていたらどうやら違ったので、自分用備忘録として残しておきます。
かなり力技の部分がありますので、自己責任で行ってください。
（画像はクリックしたら大きくなります）
0. 下準備
PMXエディタのプラグイン、リネームプラグインをDL、導入してください。
http://ch.nicovideo.jp/kummd/blomaga/ar376718
文字通り、材質やボーンや剛体などをリネームしてくれるプラグインです。
なにかと汎用性の高いプラグインなので、入れておいて損はないと思います。
1. モデルをPMXエディタに読みこむ
ここではののの式ベルギーを改造して作ったちびベルギーを使います。
そして、ファイル（F）→PMXデータの状態検証（F）を開いて、PMXデータの状態確認ウィンドウを開いてください。
「■ボーン」の中にある「ボーン名重複数」を確認してください。
0だったら次に進んで大丈夫です。もしかぶっているボーンがあった場合は絶対に修正しておいてください。
ボーン名の後ろに.やスペースを入れるなどの一時しのぎでもかまいません。
2. リネームプラグインを起動
リネームプラグインを起動します。
置換方法は任意の文字列を選んでください。
「正規表現を使用する」にチェックを入れて、対象文字列に「0001(.＋?)」、置換文字列に「$1」を入れます。
ここでは物理分離プラグインの初期設定通りの0001にしてありますが、別の文字列を入れていた場合は適宜その文字列に修正してください。
どんな文字列にしていたとしても、「(.＋?)」を入れるのを忘れずに。全部半角です。わかりづらいですが(の後ろには.があります。
文字列をいじっていない人はそのまま「」内をコピーしてしまうのが確実です。（「」は入れないでください）
念のために「結果確認オンリー」にチェックを入れて、リネーム確認をしてください。
0001からはじまっているボーンの頭にある0001が消えていたら大丈夫です。
「結果確認オンリー」のチェックを外して、リネーム実行をしてください。
3. 同名ボーンをマージする
「全ての親（物）」を、「全ての親」にリネームします。
今は同名ボーンが二つある状態なので、編集（E）→ボーン（B）→同名ボーンのマージ（M）を選んで、二つあるボーンを一つにまとめます。
（１で同名ボーンを修正するのはこのため）
これでほぼ通常モデルに戻りました。TransformViewで物理演算が反映されているか確認してください。
１で一時しのぎでリネームしたボーンがあるときは戻しておきましょう。
保存するときは、必ず別名保存にしてください。
（9.00以降ではボーン構造が違うモデルでも読みこみ可能になりましたが、絶対に大丈夫という保証はできません）
4. ボーン・表示枠の整理
ここから先はお好みで。
・操作中心、エッジ調整ボーンの削除
通常はこの二つのボーンを親にしているボーンはないので、削除するだけで大丈夫かとは思いますが、念のため親子関係の確認はしてください。
（こう書くとなんか昼ドラみたいですが）
・表示枠の整理
全ての親（物理）、全ての親（みかけ）、Obj0001の表示枠を削除してください。
以上です。
繰り返しになりますが、かなり力技の部分がありますので、自己責任で行ってください。
ここまで書いといてなんなんですが、たぶんそのうち修正されそうな気がしています……。
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